研究领域为计算表观遗传学，主要利用生物信息学方法探索肿瘤发生，发展及耐药的表观分子机
制；同时，以此为基础开发新型基于表观分子标记（
cfDNA
甲基化）的液体活检技术，用以早期检测
重大疾病的发生、监测病情发展和评估治疗效果。课题组将利用和开发生物信息学方法，通过系统深
入挖掘多组学大数据（单细胞转录组、单细胞表观组、DNA/组蛋白修饰组和染色体 3D 组等）从多维
度深入理解重大疾病的发生的分子机制；依托国家实验室平台以临床应用为目的，研究来自于大规模
临床样本的多组学数据，探索呼吸相关疾病的致病机理和开发新的用于早期诊断的呼吸疾病相关的表
观生物标记物。
截止到 2022 年 9 月，共发表 SCI 论文 30 余篇。其中以（共同）第一/共一作者或通讯作者在 Sci Adv，
Nat Commun x2，NAR，JCI，JACS，Am. J. Respir. Crit. Care Med，Brief. Bioinformatics, Gut Microbe, Stem
Cells 等高水平杂志发表 12 篇代表论文（10 篇 IF>10），累积影响因子超过 110，引用超过 606 次，h-index
17
。同时，申请人作为主要申请者和参与者参与了
4
项
RO1
项目申请并成功获得资助。申请人多次被
邀请做会议报告并长期担任
Cancer Letters
，
Cancers
，
Genes
等多个期刊的审稿人。
2016 年-2020 年，就职于美国 Texas A&M 大学，助理研究科学家
2020 年-2021 年，就职于美国 Texas A&M 大学，助理教授
1. Yang, Penghui#, Qi Fang#, Zhenli Fu#, Jia Li# et al. “ Comprehensive Analysis of Fibroblast
Activation Protein (FAP) Expression in Interstitial Lung Diseases (ILDs).” American journal of respiratory
and critical care medicine, 10.1164/rccm.202110-2414OC. 19 Aug. 2022,
doi:10.1164/rccm.202110-2414OC
2. Li, J., Hong, T., Wei, Y. et al. Aberrant DNA hydroxymethylation reshapes transcription factor
binding in myeloid neoplasms. Clin Epigenet 14, 81 (2022). https://doi.org/10.1186/s13148-022-01297-5
3. Fang, S.#, D. Cui#, T. Hong, L. Guo, Y.-T. Lee, M. Lee, S. Isgandarova, M. Martinez-Moczygemba,
Y. Zhou, J. Li* and Yun Huang* (2022). "Ten-Eleven Translocation Ablation Impairs Cardiac
Differentiation of Mouse Embryonic Stem Cells." Stem Cells 40(3): 260-272.
4. Li, J., S. Zhao, M. Lee, Y. Yin, J. Li, Y. Zhou, L. Y. Ballester, Y. Esquenazi, R. H. Dashwood and P.
J. Davies (2020). "Reliable tumor detection by whole-genome methylation sequencing of cell-free DNA in
cerebrospinal fluid of pediatric medulloblastoma." Science advances 6(42): eabb5427.
5. Li, J#., X. Wu#, Y. Zhou#, M. Lee, L. Guo, W. Han, W. Mo, W.-m. Cao, D. Sun and R. Xie (2018).
"Decoding the dynamic DNA methylation and hydroxymethylation landscapes in endodermal lineage
intermediates during pancreatic differentiation of hESC." Nucleic acids research 46(6): 2883-2900.
6. Bhattacharjee, S.#, J. Li# and R. H. Dashwood (2020). "Emerging crosstalk between long
non-coding RNAs and Nrf2 signaling." Cancer Letters 490: 154-164.
7. Han, Y., M. Zhang, J. Xu, J. Li, Y. Xu, T. C. Thompson, C. J. Logothetis, D. Sun and J. Gu (2021).
"Genome-wide DNA methylation profiling of leukocytes identifies CpG methylation signatures of
aggressive prostate cancer." American Journal of Cancer Research 11(3): 968.
8. Lee, M., J. Li, J. Li, S. Fang, J. Zhang, A. T. T. Vo, W. Han, H. Zeng, S. Isgandarova and M.
Martinez-Moczygemba (2021). "Tet2 inactivation enhances the antitumor activity of tumor-infiltrating
lymphocytes." Cancer research 81(8): 1965-1976.
9. Li, J.#, Y. Yin#, M. Zhang, J. Cui, Z. Zhang, Z. Zhang and D. Sun (2020). "GsmPlot: a web server
to visualize epigenome data in NCBI." BMC bioinformatics 21(1): 1-7.
10. Fang, S.#, J. Li#, Y. Xiao, M. Lee, L. Guo, W. Han, T. Li, M. C. Hill, T. Hong and W. Mo (2019).
"Tet inactivation disrupts YY1 binding and long-range chromatin interactions during embryonic heart
development." Nature communications 10(1): 1-18.
1. 2021
年南山学者启动资金。
2. 2023
年呼吸疾病国家重点实验室 自主课题一项。
姓名
李佳
性别
男
电话
19878341601
邮箱
jiali@gzhmu.edu.cn
南山学者类别
全职引进
南山学者层次
领军人才
所在二级单位
呼吸疾病国家重点实
验室
学科分类
生物学
科研领域
表观遗传、生物信息、大数据、液体活检
2005
年
-2009
年，本科就读于河北农业大学 生物技术专业
2009
年
-2012
年，硕士就读于中国农业大学 细胞生物学专业
2012 年-2015 年，博士就读于中国农业大学 生物化学与分子生物学
个人简介
工作经历
期刊论文
科研项目
教育经历
依托呼吸疾病国家重点实验室，国家呼吸临床医学中心和国家实验室平台和丰富的临床资源，本
课题组拟开展以解决临床问题为导向的三个方向的研究：1.慢阻肺早期气道上皮细胞表观演化机制和
早期检测慢阻肺的表观修饰标记的开发；
2.
病毒与宿主互作的表观机制研究；
3.
利用机器学习方法
整合和深入挖掘肺及呼吸道多维大数据（
scRNAseq
和表观组学等）解析慢性肺病（慢阻肺，肺纤维
化及肺癌）的发病机制和发现潜在用于早期检测的基因标记。以上的项目开展主要利用来自临床的病
人样品，而临床样本所含细胞量极少，这对获得珍贵稀少临床样品的多表观组学数据带来了巨大挑战。
本课题组在微量 DNA 构建表观组学高通量测序文库和多表观组学整合深入分析方面有丰富的经验。
团队介绍
